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연구자

  • 류성호, 이학박사

    교수

    Cancer, Metastasis, Cancer stem cell, miRNA, Epigenetics, Bioinformatics, Genomics

    순천향의생명연구원 본관동 309호

    041-413-5020

    ryu@sch.ac.kr

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혈청 엑소좀 (serum exosome)을 활용한 정밀진단 기술개발

 

정밀의료 (Precision medicine)는 환자의 유전적 변이 및 가족력, 환경적 요인과 기타 질병 유무, 생활 습관 등을 big data화하고 질병과 예후를 통합함으로써 환자마다 최적화된 진단 및 치료법을 제공하는 의료 분야를 말한다. 지금까지는 평균적인 사람들을 기준으로 약을 개발하고 개발한 약을 모든 사람에게 적용하는 one-size-fits-all 전략이었고 개인 차는 고려하지 않았기 때문에 사람에 따라 약이 듣지 않거나 부작용을 수반하게 되었다.

 

세포는 다양한 종류의 세포외 소포체 (extracellular vesicle 줄여서 EV라고 부르기도 함)를 배출한다. EV는 엑토좀(ectosomes) 과 엑소좀 (exosomes) 두 종류로 나눌 수 있다. 엑토좀은 세포의 세포막에서 budding이라는 과정을 통해 발생하고 microvesiclesmicroparticles 등이 있으며 크기가 50 nm 에서 1 m 정도로 큰 편이다. 반대로 엑소좀은 endosomal에서 만들어지고 크기가 50 to 150 nm 정도로 엑토좀에 비해 작고 평균 크기는100 nm 정도이다. EV는 엑소좀을 포함해서 막으로 둘러싸인 구조여서 안에 여러 세포 구성물들을 가지고 있다. 대표적으로 DNA, RNA, lipids, metabolites 등과 세포질과 세포막에 존재하는 단백질들도 함유하고 있다. 엑소좀이 갖는 생리학적 기능에 대해서는 잘 알려지지는 않았지만, 지금까지는 엑소좀이 세포 활동에서 발생하는 여분의 물질들을 단순히 세포 밖으로 버리기 위한 기능을 갖는 것으로 알려져서 주목받지 못했으나, 최근 들어 엑소좀을 통한 세포 간의 교류에 기능을 하는 것으로 알려지며 새롭게 그 역할이 주목 받고 있다.

 

우리 연구실은 이러한 엑소좀이 혈청에도 존재한다는 것에 주목하여 혈청 엑소좀을 다중오믹스로 분석하여 암과 당뇨합병증, 치매 등 여러 질병에서 조기 정밀진단마커로 활용하는 기술을 개발하고 있다.

 

EMTnon-EMT의 비교를 통한 암전이 연구

 

유방암이나 폐암 등 우리가 흔히 듣는 많은 암들이 상피조직에서 발생한다. 따라서 처음에 암이 발행했을때는 암은 상피세포암이고 상피세포의 특성상 세포간에 단단하게 결합되어 있고, 세포 분열을 통해 암 조직이 커지게 된다. 반면, 전이라는 과정은 원발암에서 암세포가 떨어져나와서 다른 2차 장기로 전파되어 암이 자라는 과정을 말하고, 암 환자의 사망의 90% 이상이 암 전이에 기인하고 있지만 아직까지도 암 전이를 막는 약은 개발되어 있지 않다. 암 전이는 상피세포가 mesenchymal 형태로 바꿔지는 epithelial-mesenchymal transition (EMT)이라는 과정을 거쳐야 하는데, 그 이유는 이동성이 약하고 침투력도 약한 상피세포로는 암 전이를 설명하기 어렵기 때문이다. 따라서, 전이를 위해서는 이동성이 높고 침투력이 강한 mesenchymal 형태로 전환된다는 이론은 현재 정설로 받아지고 있다. 하지만, 최근들어서 혈액 내에 떠돌아다니는 epithelial clusters들을 많이 확인하면서 상피세포들이 전이에 관여할지도 모른다는 이론들이 나오고 있지만, 아직까지 명확한 분자신호전달 기전은 알려진 바가 없다.

 

본 연구실에서는 전이과정에서 EMT에 의한 전이 이외에도 non-EMT에 의한 전이가 가능하다는 연구를 진행하고 있고, 나아가 epithelial cluster가 어떻게 전이를 야기하는지에 대한 분자신호전달 기전에 대한 연구를 수행하고 있다. 이 연구는 향후 암 전이의 새로운 패러다임을 제시하고 나아가 새로운 암 전이 치료제를 개발하는데 기여할 것이다.


Principal Investigator


Seongho Ryu

Research Assistant, Medical College of Virginia, USA

Teaching Assistant, New York University (NYU), USA

Ph.D. in Bioinformatics, New York University (NYU), USA

Postdoctoral Associate, Weill Cornell Medical College, USA

Assistant Professor, Soonchunhyang Institute of Medi-bio Science(SIMS), Soonchunhyang University, Korea
Associate Professor, Soonchunhyang Institute of Medi-bio Science(SIMS), Soonchunhyang University, Korea




Postdoctoral Fellow


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Jea A Han

Postdoctoral Fellow

- (2020), Ph.D. Integrated Biomedical Science, Soonchunhyang Institute of Medi-Bio Science, Soonchunhyang University, South Korea

Undergraduate University: Yanbian University of Science and Technology (China)

Research Topic : Clinical Impact of Circulating Exosomal MicroRNA as a Novel Biomarker of Various Diseases


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Jin-Hyeop Jeong

Postdoctoral Fellow

- (2020), Ph.D. Department of Biological Sciences, Seoul National University

- (2015), BS. Department of Biological Sciences, Seoul National University

Research Topic: Genomics, Molecular Evolution, Invertebrates




Graduate Students


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Trịnh Vạn Ngữ

PhD Student

- (2016-2020), Ph.D. Integrated Biomedical Science, Soonchunhyang Institute of Medi-Bio Science, Soonchunhyang University

- (2014-2016), MSc in Biotechnology, University of Science, Viet Nam National University, Ho Chi Minh City, Viet Nam

- (2009-2013), BSc in Biotechnology, University of Science, Viet Nam National University, Ho Chi Minh City, Viet Nam

Research Topic: Cancer metastasis, Epithelial-Mesenchymal Transition, Tumor microenvironment


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Eunbit Kim

PhD Student

- (2016) BS. Biotechnology, Seoul Women's University

Research Topic: The applications of exosomics in medicine and health

 

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Le Nguy Hoang Linh

MS Student

- (2016- present), MS. in Biomedical Science, SoonChunHyang Institute of Medi-Bio Science, Soonchunhyang University, South Korea

- (2011-2015), Bachelor of Biotechnology, University of Science, Vietnam National University, Ho Chi Minh City

Research Topic: Molecular function of APOL1 in clear cell renal cell carcinoma


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Arnawati Jo

MS/Ph.D Student (combined), 2019

- School of undergraduate : Atma Jaya Catholic University of Indonesia

Research Topic : Exosomal miRNA: Biogenesis, Biological function, and Clinical Potential




Researchers


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Juhyeon Kim

Researcher

- (2018) Bachelor of Engineering, Computer Software Engineering, Kongju National University

Research Topic: Bioinformatics, miRNA analysis software development


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Heeji Kim

Researcher

- (2020) MS. Dankook university

Research Topic: Bioinformatics, Small RNA Detector: a small RNA-seq analysis pipeline for identification of novel small RNAs


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Yin Gi Jang

Researcher

- M.S in Veterinary medicine, Chungbuk National University
Research Topic: Cancer, Exosome, miRNA


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Bae Seon Joo

Researcher

- (2013) MS in Biochemistry, Chungnam national university ,
Research Topic: Cancer, Exosome, miRNA


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Sumin Seo

Researcher

- (2020) MS:Integrated Biomedical Science, Soonchunhyang Institute of Medi-Bio Science, Soonchunhyang University

- (2018) BS: soonchunhyang University

-Research topic: Cancer, Metastasis, Cancer stem cell, miRNA, Epigenetics, Bioinformatics, Genomics



Javaria Munir, Jeong Kyo Yoon, Seongho Ryu*, Therapeutic miRNA-Enriched Extracellular Vesicles: Current Approaches and Future Prospects. Cells. 2020 Oct 11;9(10):2271. (*Corresponding author)

 

Hyoshik Kim, Yun-Ui Bae, Haekyung Lee, Hyoungnae Kim, Jin Seok Jeon, Hyunjin Noh, Dong Cheol Han, Dong Won Byun, Sang Hyun Kim, Hyeong Kyu Park, Seongho Ryu*, Soon Hyo Kwon, Effect of diabetes on exosomal miRNA profile in patients with obesity. BMJ Open Diabetes Res Care. 2020 Sep;8(1):e001403. (*Corresponding author)


Jin Seok Jeon, Eunbit Kim, Yun-Ui Bae, Won Mi Yang, Haekyung Lee, Hyoungnae Kim, Hyunjin Noh, Dong Cheol Han, Seongho Ryu*, Soon Hyo Kwon*. microRNA in Extracellular Vesicles Released by Damaged Podocytes Promote Apoptosis of Renal Tubular Epithelial Cells. Cells. 2020 Jun 5;9(6):E1409. (*Corresponding author).

 

Young Sok Ji, Seong Kyu Park, Seongho Ryu*. Whole Leukemia Cell Vaccines: Past Progress and Future Directions. Vaccine. 2020 May 8;38(22):3811-3820. (*Corresponding author).

 

Javaria Munir, Trinh Van Ngu, Penchatr Diskul Na Ayudthaya, Seongho Ryu*. Downregulation of glypican-4 Facilitates Breast Cancer Progression by Inducing Cell Migration and Proliferation. Biochemical and Biophysical Research Communication. 2020 May 21;526(1):91-97. (*Corresponding author).

 

Shira Yomtoubian, Sharrell B Lee, Akanksha Verma, Franco Izzo, Geoffrey Markowitz, Hyejin Choi, Leandro Cerchietti, Linda Vahdat, Kristy A Brown, Eleni Andreopoulou, Olivier Elemento, Jenny Chang, Giorgio Inghirami, Dingcheng Gao, Seongho Ryu*, Vivek Mittal*. Inhibition of EZH2 Catalytic Activity Selectively Targets a Metastatic Subpopulation in Triple-Negative Breast Cancer. Cell Reports. 2020 Jan 21;30(3):755-770.e6. (*Corresponding author)

 

Javaria Munir, Mihye Lee, Seongho Ryu*. Exosomes in Food: Health Benefits and Clinical Relevance in Diseases. Advances in Nutrients. 2020 May 1;11(3):687-696. (*Corresponding author).

 

Cheol-Ho Hyun, Heesoo Kim, Seongho Ryu*, Won Kim*. Preliminary Study on Microeukaryotic Community Analysis Using NGS Technology to Determine Postmortem Submersion Interval (PMSI) in the Drowned Pig. Journal of Microbiology. 2019 Nov;57(11):1003-1011. (*Corresponding author)

 

Hyoungnae Kim, Yun-Ui Bae, Jin Seok Jeon, Hyunjin Noh, Hyeong Kyu Park, Dong Won Byun, Dong Cheol Han, Seongho Ryu*, Soon Hyo Kwon*. The Circulating Exosomal microRNAs Related to Albuminuria in Patients With Diabetic Nephropathy. Journal of Translational Medicine. 2019 Jul 22;17(1):236. (*Corresponding author)

 

Yun-Ui Bae, Yongjin Kim, Haekyung Lee, Hyoungnae Kim, Jin Seok Jeon, Hyunjin Noh, Dong Cheol Han, Seongho Ryu*, Soon Hyo Kwon*. Bariatric Surgery Alters microRNA Content of Circulating Exosomes in Patients With Obesity. Obesity. 2019 Feb;27(2):264-271. (*Corresponding author)

 

Cheolwon Choi , Seulgi Yoon , Hyesu Moon, Yun-Ui Bae, Chae-Bin Kim, Penchatr Diskul-Na-Ayudthaya, Trinh Van Ngu, Javaria Munir, JaeWook Han, Se Bin Park, Jong-Seok Moon, Sujung Song, Seongho Ryu*. mirRICH, a Simple Method to Enrich the Small RNA Fraction From Over-Dried RNA Pellets. RNA Biology. 2018 15(6):763-772. (*Corresponding author).

 

Choi C, Thi Thao Tran N, Van Ngu T, Park SW, Song MS, Kim SH, Bae YU, Ayudthaya PDN, Munir J, Kim E, Baek MJ, Song S, Ryu S*, Nam KH*. Promotion of tumor progression and cancer stemness by MUC15 in thyroid cancer via the GPCR/ERK and integrin-FAK signaling pathways. Oncogenesis. 2018 12;7(11):85. (*Corresponding author)

 

Cheolwon Choi, James Han, Nguyen Thi Thao Tran, Seulgi Yoon, Goeun Kim, Sujung Song, Youngjo Kim, Seongho Ryu*. Effective Experimental Validation of miRNA Targets Using an Improved Linker Reporter Assay. Genetic Research 2017 Jan 30;99:e2.

 

Hyundoo Hwang, Changsik Shin, Juhee Park, Enoch Kang, Bongseo Choi, Jae-A Han, Yoonkyung Do, Seongho Ryu*, Yoon-Kyoung Cho*. Human breast cancer-derived soluble factors facilitate CCL19-induced chemotaxis of human dendritic cells. Scientific Reports 2016 Jul 25: 6:30207. (*Corresponding author)

 

Bongseo Choi, Hyojin Moon, Sung Joon Hong, Changsik Shin, Yoonkyung Do, Seongho Ryu* , Sebyung Kang*. Effective Delivery of Antigen-Encapsulin Nanoparticle Fusions to Dendritic Cells Leads to Antigen-Specific Cytotoxic T Cell Activation and Tumor Rejection. ACS Nano. 2016 Jul 8, 10:7339-7350. (*Corresponding author)

 

Changsik Shin, Han JA, Choi B, Cho YK, Do Y, Seongho Ryu*. Intrinsic features of the CD8- dendritic cell subset in inducing functional T follicular helper cells. Immunol Letters. 2016 Apr 2;172:21-28. (*Corresponding author).

 

Fischer KR, Durrans A, Lee S, Sheng J, Li F, Wong ST, Choi H, El Rayes T, Seongho Ryu, Troeger J, Schwabe RF, Vahdat LT, Altorki NK, Mittal V, Gao D. Epithelial-to-mesenchymal transition is not required for lung metastasis but contributes to chemoresistance. Nature. 2015 Nov 26;527(7579):472-6.

 

Changsik Shin, Jae-A Han, Hyein Koh, Bongseo Choi, Yongbin Cho, Hyeongmin Jeong, Jea-Sun Ra, Pil Soo Sung, Eui-Cheol Shin, Seongho Ryu*, Yoonkyung Do*. CD8(-) Dendritic Cells Induce Antigen-Specific T Follicular Helper Cells Generating Efficient Humoral Immune Responses. Cell Reports. (2015) Jul 30;11(12):1929-40. (*Corresponding author)

 

Seongho Ryu, Kevin McDonnell, Hyejin Choi, Dingcheng Gao, Mary Hahn, Natasha Joshi, Sun Mi Park, Raul Catena, Yoonkyung Do, Jacqueline Brazin, Linda T. Vahdat, Randi B. Silver, and Vivek Mittal. Suppression of miRNA-708 by polycomb group promotes metastases by calcium-induced cell migration. Cancer Cell (2013) 23:63-76. (*First author).